Индекс волшебства

События сериала разворачиваются в Академия-Сити, технологически развитом городе к западу от Токио. В этом месте изучают людей с улучшенными наукой способностями, называемых эсперами. Также в мире существует магия. Главный герой Тома Камидзё — ученик Академия-Сити. Он обладает правой рукой с силой «разрушитель воображения». Любая магия или способность эсперов, к которой Тома прикасается этой рукой, рассеивается. Это свойство также влияет на его собственную удачу.

Однажды Тома находит на перилах своего балкона висящую девушку в монашеской одежде. Она является монахиней из Несессариуса — секретного магического отделения Церкви Англии. Её имя Индекс. В её разум помещены 103000 книг, запрещённых церковью. Эта встреча и необычная сила руки Томы помещают его в центр конфликта, связанного с магами и эсперами.