Некий научный Рейлган

События разворачиваются в Академии-Сити — городе с населением 2,3 миллиона человек. 80 процентов учащихся участвуют в «Программе по развитию мозга», в результате чего они становятся эсперами. Только семеро из них достигают пятого уровня развития способностей. Главные героини — Микото Мисака и её подруга Куроко Сираи. Микото входит в число семи эсперов пятого уровня. Куроко состоит в организации «Правосудие», которая занимается поддержанием порядка в городе.

Микото и Куроко выполняют задачи по обеспечению безопасности в Академии-Сити. Их деятельность связана с противодействием преступности и контролем за использованием способностей. В городе существуют различные группировки и организации, преследующие собственные цели. Взаимодействие между эсперами разного уровня, учёными и обычными жителями формирует основу сюжета. Развитие событий зависит от решений персонажей и их способности влиять на происходящее в городе.