Некий научный Рейлган S: Все важнейшие открытия делаются во время купания

Главный герой, молодой человек по имени Синдзи Икари, получает вызов от организации Nerv. Ему предлагают стать пилотом гигантского биомеханического робота Евангелиона для защиты города Токио-3 от таинственных существ, называемых Ангелами. Синдзи соглашается, хотя не имеет подготовки и не понимает, почему выбор пал именно на него. В процессе пилотирования он знакомится с другими пилотами - Рей Аянами и Аской Лэнгли Сорью. Их взаимодействие осложняется личными травмами и скрытыми мотивами руководителей Nerv.

По мере развития сюжета выясняется, что истинная цель организации Nerv связана с древним каббалистическим планом, известным как Проект Инструментальности. Ангелы оказываются не просто врагами, а частью сложной системы, влияющей на судьбу человечества. Синдзи и другие пилоты сталкиваются с психологическими и моральными дилеммами, связанными с их ролью в этом конфликте. Финальная часть истории раскрывает природу Евангелионов и их связь с происхождением человека, оставляя открытыми вопросы о цене победы и значении человеческой индивидуальности.