Некий научный Рейлган S

Микото Мисака, эспер 5-го уровня из Академия-Сити, обнаруживает, что её ДНК, взятое в детстве, использовали для создания тысяч клонов. Клоны были выращены с целью стать материалом для эксперимента по созданию эспера 6-го уровня. В ходе этого эксперимента множество копий, к которым Микото относилась как к сёстрам, были уничтожены.

Во втором сезоне аниме «Рейлган» показаны события, связанные с последствиями этого эксперимента. Микото и её подруга Куроко Сираи сталкиваются с новыми испытаниями, вытекающими из предыдущих событий. Сюжет сосредоточен на том, как персонажи справляются с возникшими проблемами и противостоят угрозам.