Индекс волшебства: Чудо Эндимиона

После завершения строительства космического подъёмника «Эндимион» в Академия-Сити главный герой Тома Камидзё и его подруга Индекс случайно встречают эспера нулевого уровня по имени Ариса Мэйго. «Ассоциация магов» преследует Арису и совершает нападение на Академия-Сити. Причины этих действий остаются неясными для персонажей.

Для защиты города от угрозы формируется движение сопротивления под руководством Шатауры Секвенции. Позднее Стэйл Магнус сообщает главным героям, что Арису могут использовать как инструмент для разжигания конфликта между миром Магии и миром Науки. Дальнейшие события связаны с попытками предотвратить эту войну.