Исчезновение Харухи Судзумии

Глава школьного клуба SOS Судзумия Харухи объявляет, что участники проведут Рождество в комнате клуба за праздничным ужином. Члены клуба начинают подготовку к мероприятию. Через несколько дней по дороге в школу главный герой Кён замечает странности в поведении знакомых. Его одноклассник Танигути не помнит предыдущего разговора и внезапно заболевает. На уроке отсутствует Харухи, а на её месте сидит Рёко Асакура, которая ранее была удалена из реальности. Она ведёт себя так, будто ничего не произошло. Микуру Асахина не узнаёт Кёна, а Юки Нагато оказывается обычной девушкой и единственным членом литературного клуба.

Выясняется, что клуба SOS и самой Харухи в этой школе никогда не существовало. Кён сталкивается с изменённой реальностью, где все его знакомые ведут себя иначе, а ключевые события прошлого не происходили. Причины такого изменения мира остаются неясными. Герою предстоит разобраться, что привело к исчезновению Харухи и её клуба, а также найти способ восстановить прежний порядок вещей, если это возможно. Ситуация осложняется тем, что никто из окружающих не помнит о существовании бригады SOS.