Прощай, Галактический экспресс 999: Терминал Андромеды

Люди на различных планетах, включая Землю, организовали восстание против Механизированной империи. Тэцуро Хосино участвует в затяжной войне на Земле, где силы людей терпят поражение. В состоянии отчаяния он становится свидетелем прибытия Галактического экспресса 999. Вскоре Тэцуро получает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на поезд.

Тэцуро с боем прорывается к станции и садится на Галактический экспресс 999. Поезд отправляется в путешествие, в ходе которого герою предстоит столкнуться с рядом нераскрытых обстоятельств. Сюжет строится вокруг перемещений Тэцуро на поезде и его взаимодействия с окружающей средой и пассажирами.