Люди на различных планетах, включая Землю, организовали восстание против Механизированной империи. Тэцуро Хосино участвует в затяжной войне на Земле, где силы людей терпят поражение. В состоянии отчаяния он становится свидетелем прибытия Галактического экспресса 999. Вскоре Тэцуро получает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на поезд. Тэцуро с боем прорывается к станции и садится на Галактический экспресс 999. Поезд отправляется в путешествие, в ходе которого герою предстоит столкнуться с

Сюжет разворачивается вокруг конфликта между жителями планеты С-1, страдающей от радиоактивного загрязнения, и Землёй. Лидер планеты С-1, адмирал Варгон, решает захватить Землю как новый дом для своего народа. Главный герой, космический воин Балдиос, выступает против этого плана. Он преследует флот Варгона до Земли, где и происходит столкновение. В ходе битвы Балдиос оказывается на Земле и знакомится с местными жителями, включая учёного доктора Джекки и его дочь Марину. Фильм завершает историю,

Десятилетняя Флон - активная девочка с мальчишеским характером. Однажды её отец получает письмо от друга из Англии, который сейчас находится в Австралии. В письме друг сообщает о серьёзной нехватке врачей и просит отца приехать. Семья принимает решение покинуть свой старый дом в Берне. Начинается их путешествие. В ходе путешествия Флон сталкивается с различными событиями и ситуациями. Сюжет строится вокруг приключений девочки и её семьи. История показывает взаимодействие персонажей с природой и