Дигимон: Дьяволомон наносит ответный удар

После событий, описанных ранее, ситуация в мире постепенно возвращается к норме. Неизвестный значок начинает появляться на экранах компьютеров, телевизоров, мобильных телефонов и игровых консолей по всей Японии. Этот значок ищет Ягами Таичи и Исиду Ямато, которые победили его несколько лет назад. Выясняется, что значок принадлежит Диабломону — цифровому монстру вирусного типа, побежденному во втором фильме. На этот раз Диабломон научился создавать физическую копию себя и отправляет тысячи своих копий в реальный мир.

Косиро и Кен разрабатывают план по окончательному уничтожению вируса. Для реализации плана требуется помощь всех Избранных, как прошлых, так и нынешних. Им предстоит гонка со временем, чтобы остановить замысел Диабломона, детали которого остаются неясными. Вопрос в том, сможет ли возрожденный Омегамон одолеть Диабломона во второй раз, или миллионы копий дадут ему достаточно сил, чтобы противостоять «Чемпиону справедливости среди цифровых монстров». При этом Диабломон не знаком с новым поколением Избранных и их новыми приемами. Исход битвы решит судьбу Токио.