Ямато навсегда: Мятежник 3199

События разворачиваются после завершения миссии космического корабля «Ямато» в 2205 году. Главные герои сталкиваются с новой угрозой, исходящей от неизвестной инопланетной цивилизации. Эта цивилизация использует технологию, способную манипулировать пространством-временем, что создаёт серьёзные препятствия для экипажа «Ямато». Команда вынуждена адаптировать свои методы ведения боя и разведки, чтобы противостоять противнику, чьи возможности превосходят всё, с чем они сталкивались ранее. Параллельно развиваются сюжетные линии, связанные с последствиями предыдущих конфликтов и восстановлением межзвёздных отношений.

В центре повествования — попытка экипажа «Ямато» предотвратить глобальный катаклизм, который может уничтожить несколько населённых планет. Для этого им необходимо расшифровать древние артефакты, оставленные предшествующей цивилизацией, и найти союзников среди враждебно настроенных рас. Одновременно раскрываются личные мотивы некоторых членов экипажа, чьи решения влияют на исход миссии. Ключевая интрига заключается в том, что истинная цель агрессора оказывается связана с событиями, произошедшими за несколько столетий до начала основного сюжета, что заставляет героев пересмотреть свои представления о прошлом.