Югио! Тёмная сторона измерений

События разворачиваются через полгода после завершения битвы с Фараоном. Главный герой Юги Муто и его друзья перешли в выпускной класс старшей школы. В этот период они обдумывают свои дальнейшие жизненные планы и профессиональное будущее.

Параллельно Сэто Кайба продолжает попытки вернуть душу Фараона. Для этого он заново собирает «Головоломку тысячелетия». Однако его планам препятствует таинственный человек по имени Аигами. Кроме того, Кайба разрабатывает новую систему виртуальных дуэлей, которая может изменить индустрию «Дуэльных монстров».