Сюжет разворачивается вокруг противостояния государственных алхимиков и гомункулов. Главный герой — новобранец, поступивший на службу в армию на должность государственного алхимика. Под руководством Роя Мустанга он вместе с другими государственными алхимиками участвует в операции по спасению заложников, захваченных гомункулами. В отдельной сцене персонажи сериала, изображённые в чиби-стиле, празднуют завершение съёмок фильма «Стальной алхимик: Завоеватель Шамбалы». Также показан эпизод, в

Пуниэ является кандидаткой на пост королевы Волшебной Страны. Данная должность сопряжена с высокой смертностью — большинство её предшественников погибали в течение первых трёх дней правления. Чтобы подготовиться к коронации, Пуниэ отправляется в японскую школу, которая в данном контексте рассматривается как испытательный полигон. Главная героиня обладает способностью управлять овощами и владеет набором борцовских приёмов. Её сопровождает верный маскот, который помогает ей в выполнении задания.