События разворачиваются спустя три года после завершения первой части. Главный герой Наруто Узумаки возвращается в Деревню Скрытой Листвы после длительных тренировок. Его команда, ранее состоявшая из Саскэ Учихи и Сакуры Харуно, подвергается реорганизации. Саскэ покинул деревню, и его место занимает новый персонаж по имени Сай. Обновленная группа получает название «Команда Какаши» и продолжает выполнять миссии под руководством своего наставника. В Деревне Скрытой Листвы обостряются политические