Действие разворачивается через десять лет после событий FLCL Alternative. В центре сюжета находятся два персонажа - ученик старшей школы и ученица. Их повседневная жизнь сталкивается с необычными явлениями, характерными для вселенной FLCL. Главные герои вынуждены взаимодействовать с загадочными силами, которые постепенно меняют их привычный мир. По ходу развития сюжета раскрываются особенности взаимодействия персонажей с аномалиями. Школьники сталкиваются с последствиями событий предыдущих

Главный герой — подросток, живущий в городе, где взрослые утратили надежду на лучшее будущее. Молодые жители воспринимают упадок и бедность как обычное явление, неотъемлемую часть повседневной реальности. Ситуация остаётся стабильной до появления персонажа по имени Харуко. Этот персонаж провоцирует масштабные беспорядки, которые нарушают привычный ход жизни в городе. Действия Харуко приводят к тому, что город погружается в хаос. Жители, включая подростков, вынуждены реагировать на внезапные

Главный герой Такаси Нацумэ продолжает возвращать имена ёкаям, которые записаны в «Тетради дружбы». В этом процессе ему помогает ленивый кот-ёкай Нянко-сэнсэй, также известный как Мадара. Нянко-сэнсэй часто ворчит и балуется сакэ, но остаётся рядом с Нацумэ. Количество проблем у парня не уменьшается, однако число друзей растёт. Многие духи, помня о добросердечности Нацумэ, периодически выручают его в сложных ситуациях. Перед Такаси Нацумэ встаёт неизбежный вопрос о том, чью сторону он примет.

Юта Тогаси в период средней школы пережил состояние, известное как «синдром восьмиклассника». Он носил плащ, брал с собой большой меч и погружался в собственные фантазии, настолько сильно, что даже родители не могли вернуть его к реальности. Повзрослев, Юта решил начать новую жизнь в старшей школе. Он убрал все предметы, связанные с его прошлым увлечением, и намеревался вести обычную жизнь подростка, общаясь с одноклассниками. Накануне первого дня обучения на балконе Юты появляется незнакомая

Старшеклассник Сората Канда проживает в Сакурасо — школьном общежитии, предназначенном для учащихся с нестандартным поведением. В это общежитие приезжает новая жительница, Маширо Шина, которая является талантливой художницей и обладает привлекательной внешностью. Сората решает взять на себя роль защитника новенькой от эксцентричных обитателей Сакурасо. Однако выясняется, что Маширо совершенно не способна самостоятельно заботиться о себе: она теряется при выходе на улицу, а её комната постоянно

В 2112 году в Японии была внедрена система «Сивилла», заменившая государственный аппарат. Эта система отвечала за поддержание порядка и безопасности в обществе. «Сивилла» анализировала «психопаспорт» — характеристику личности, на основе которой вычислялся индивидуальный коэффициент преступности. Если этот коэффициент превышал норму, система классифицировала человека как потенциального преступника. Внедрение «Сивиллы» привело к снижению уровня преступности почти до нуля. Население, полагаясь на

Сюжет начинается с событий, предшествующих основной истории. Главный герой, Соитиро Тацуми, оказывается втянутым в конфликт с группой преступников, которые угрожают его близким. Он демонстрирует необычные способности, позволяющие ему противостоять противникам. В ходе столкновения выясняется, что за нападением стоят более крупные силы, связанные с тайной организацией. Тацуми получает задание от своего наставника — найти и обезвредить источник угрозы, который скрывается в городе. Развитие событий

Группа ПриКюа получает приглашение на мероприятие, организованное в их честь. Они направляются в школу фей, где должна состояться вечеринка. В ходе мероприятия появляется таинственная тень, которая похищает объекты, используемые для трансформации. Персонажи лишаются возможности перевоплощаться и оказываются в уязвимом положении. Отсутствие способности к трансформации создает угрозу для школы фей, мира людей и прочих пространств. Существует вероятность, что эти территории будут поглощены тенью.