События разворачиваются в 2071 году, за несколько дней до Хэллоуина. В столице Марса распространяется смертельный вирус, и правительство устанавливает награду в триста миллионов вулонгов за поимку ответственных за это. Экипаж космического корабля «Бибоп» в составе Спайка Шпигеля, Фэй Валентайн, Джета Блэка, Эдварда Вонг Хау Пепелу Тивруски IV и собаки Эйна намерен найти преступников. Однако на ту же награду претендуют и другие охотники. Центральной фигурой событий становится Винсент Воладзю,

События разворачиваются через два года после окончания истории, описанной в игре Final Fantasy VII. Мир постепенно восстанавливается после произошедших катаклизмов. В этот период возникают новые проблемы: распространяется болезнь Геостигма, а также появляются три загадочных личности, которые занимаются поисками Дженовы. Клауд и его соратники из оригинальной игры вынуждены снова собраться вместе. Персонажи сталкиваются с необходимостью объединить усилия для противодействия новым угрозам. Болезнь