Икс: Знамение

События разворачиваются до начала основного телевизионного сериала 2001 года. Главный герой, Какё Кудзуки, прикован к постели и обладает способностью видеть сны. В этих снах он встречает молодую женщину, чью жизнь и смерть впоследствии вспоминает. Какё Кудзуки не может передвигаться самостоятельно и проводит время в размышлениях о прошлом.

Сюжет также включает рассказ о будущем, которое характеризуется трагическими событиями. В этом будущем решается судьба Земли и всего человечества. Детали этого будущего и то, как оно связано с женщиной из снов, составляют основную интригу повествования. История строится на воспоминаниях главного героя и его попытках осмыслить связь между сновидениями и грядущими событиями.