Низкоквалифицированный ниндзя

После Второй мировой войны в Японии было создано агентство для борьбы с терроризмом и экстремизмом в Тихоокеанском регионе. В организацию набирали профессиональных ниндзя. Первоначально агентство действовало только в пределах страны, но со временем его деятельность распространилась на международный уровень, а штат сотрудников вырос до двадцати тысяч человек.

Одним из сотрудников агентства становится семнадцатилетний Куро Кумогакурэ. Он работает на полставки, так как продолжает обучение в старшей школе. Куро предстоит совмещать работу в агентстве с учебой и повседневными делами.