Главный герой, Такэру Нарихира, подросток с проблемным поведением, видит повторяющийся сон. В этом сне его преследуют монстры, но каждый раз его спасает таинственная девушка. После 1999-й встречи во сне он обещает ей, что в следующий раз спасёт её сам. В реальности Такэру попадает в аварию на мотоцикле и оказывается в Дэндзи Хэйан-кё — альтернативной версии древней столицы Японии, оснащённой футуристическими технологиями. Там он встречает девушку из своих снов, Цукимию, но она его не узнаёт.

После завершения масштабной операции Силы обороны столкнулись с новыми проблемами. У Кафки Хибино также прибавилось сложностей, хотя его основные цели остались прежними. Он продолжает стремиться к уничтожению кайдзю и нуждается в подтверждении своей полезности перед товарищами и командованием. Выполнение этих задач становится все труднее, поскольку кайдзю демонстрируют возрастающую силу. Грядущие испытания могут повлиять на изменения в отношениях персонажей. Кафка пытается восстановить связь с