События разворачиваются спустя три года после завершения первой части. Главный герой Наруто Узумаки возвращается в Деревню Скрытой Листвы после длительных тренировок. Его команда, ранее состоявшая из Саскэ Учихи и Сакуры Харуно, подвергается реорганизации. Саскэ покинул деревню, и его место занимает новый персонаж по имени Сай. Обновленная группа получает название «Команда Какаши» и продолжает выполнять миссии под руководством своего наставника. В Деревне Скрытой Листвы обостряются политические

Сион Ясуока в возрасте пяти лет стала свидетелем убийства своих родителей. Преступник после расправы заставил девочку играть с ним в сёги, а затем приказал забыть произошедшее. В результате психологической травмы Сион потеряла способность говорить и не запомнила лицо убийцы. Преступление осталось нераскрытым. Спустя восемь лет Сион живет в приемной семье. Ее приемный отец Синдзи Ясуока является профессиональным игроком в сёги с несколькими титулами. Сион также увлекается этой игрой и после

Десять лет назад в Японии и Южной Америке появились аномальные зоны, названные Вратами Ада и Вратами Рая. В этих зонах происходят необъяснимые события: люди погибают или исчезают, появляются неизвестные растения и наблюдаются странные видения. Человечество изолировало эти территории высокими стенами. Одновременно с возникновением Врат Ада изменилось небо - исчезла Луна, а каждая звезда стала соответствовать жизни конкретного человека. Когда человек умирает, его звезда падает. Эти люди

После поражения Тэндо Козуну группа Магами ожидает выпуска из школы. В это время в Токио активизируется подпольная организация убийц "Двенадцать небесных генералов боевого кулака". Эта группа выступает против защитников города от демонов. По неподтверждённым данным, "Боевой кулак" уничтожает людей, которых официальный закон не может привлечь к ответственности. Теперь их внимание приковано к Тацуме Хию, Кёичи Хораиджи, Аой Мисато, Комаки Сакурай, Юи Дайго и Хисуи Кисараги.

Макото Ито — ученик старшей школы академии Сакакино, который в начале второго триместра испытывает романтический интерес к однокурснице Котонохе Кацуре. Его одноклассница Сэкай Сайондзи, узнав об этом, помогает организовать их знакомство. В результате Макото и Котоноха сближаются и договариваются о свидании. Однако в процессе Сэкай начинает испытывать зависть к их отношениям и неожиданно для себя проявляет симпатию к Макото. Вечером того же дня Сэкай встречает Макото на станции, где он ожидает

Эллис — девочка, которую обвиняют в убийстве физика Хайнца Шнайдера. Она скрывается от преследования тайного общества «Охотники». Нади — наемница, занимающаяся охотой за головами. Она выслеживает Эллис и вступает с ней в контакт, но вместо передачи девочки заказчикам решает защитить её. Причины такого решения в сюжете не раскрываются сразу. Эллис и Нади отправляются в родной город девочки, чтобы выяснить обстоятельства её прошлого. После этого их путь лежит на юг, где они ищут мистический

Группа подростков во время летних каникул отправляется на берег моря. Там они исследуют пещеру, известную местным жителям, и обнаруживают, что она значительно глубже, чем предполагалось. В глубине пещеры подростки находят помещение с компьютерами и встречают необычного обитателя по имени Кокопелли. Этот персонаж ранее работал программистом над игрой, где боевой робот защищает Землю от инопланетного вторжения. Кокопелли предлагает подросткам протестировать игру. После тестирования все участники

Микия Кокуто оказывает помощь девушке, испытывающей острую боль в животе. В тот же период в городе обнаруживают несколько расчленённых тел. Степень повреждения трупов заставляет предполагать, что убийца может обладать нечеловеческими возможностями. Сики Рёги высказывает предположение, что девушка, которую спас Микия, причастна к этим убийствам. Личность предполагаемой убийцы устанавливается - это Фудзино Асагами. Как и Сики, она обладает сверхъестественными способностями. Дальнейшее развитие