Персонаж Томокадзу Микури в свой 16-й день рождения видит реалистичный сон, в котором девушка сражается с гигантским летающим монстром. После пробуждения он обнаруживает эту девушку спящей рядом с собой. Каждый последующий сон возвращает его в тот же мир, где постепенно появляются и другие знакомые ему люди. Таинственная женщина в маске по имени Силк объясняет Микури, что они противостоят существу по имени Фэйдом. Микури является источником сил, которые позволяют девушкам сражаться с монстрами.

На планете Ла-Метал, находившейся на грани гибели из-за заморозки, королева приказала жителям заменить органические тела на механические. Это решение позволило населению выжить, но привело к утрате человеческого сознания. Королева Ла Андромеда Прометия II, сама ставшая бездушным роботом, решила распространить механизацию на всё человечество. Её дочери, Мэйтэл и Эмеральда, наблюдая последствия замены тел, оказались перед выбором - поддержать мать или выступить против неё на стороне людей. Мэйтэл

Сюжет сосредоточен на девушке по имени Ноно, которая живет в сельской местности и мечтает стать пилотом космического корабля. Ее вдохновляет образ пилота по имени Нонорин. Случайная встреча с Ларк, действующим пилотом, приводит к тому, что Ноно присоединяется к организации под названием «Братство». Деятельность этой группы предполагает управление крупными боевыми роботами для борьбы с роем монстров космического происхождения. Ноно воспринимает Ларк как образец для подражания, проявляя к ней

Действие происходит в 972 году в Киото, столице древней Японии. Город пришёл в упадок из-за коррупции среди самураев и оммёдзи, которые борются за политическую власть. Население страдает от голода и эпидемий. Императорский двор решает отправить знаменитого лучника Райко Минамото на поиски легендарного драгоценного камня, который обладает таинственной силой и считается ключом к спасению мира. Однако Райко заболевает, и его младшая сестра Хикару тайно решает отправиться в путешествие вместо

В Южно-Азиатской стране Газ-Соника на протяжении двенадцати лет продолжается гражданская война между королевской армией и повстанцами. Изначальная причина конфликта уже забыта. На поле боя действует опытная наёмница по прозвищу Мадлакс, которая не примыкает ни к одной из враждующих сторон. В европейской стране Нафреция живёт Маргарет Бёртон. Двенадцать лет назад она перенесла амнезию и сейчас ведёт обычную жизнь. Мадлакс и Маргарет существуют в разных частях света и не имеют очевидных точек

После применения Gravion своего финального удара угроза со стороны Zeravire временно прекратилась. Однако впоследствии атаки возобновляются. Организация Earth Gult снова задействует свой основной ресурс — суперробота Gravion — для защиты планеты. Параллельно EFA разрабатывает собственное вооружение под названием Grand Trooper для противодействия Zeravire. В ходе отражения атак участники Earth Gult и EFA сталкиваются с необходимостью защитить будущее человечества. Одновременно им предстоит

В мире наступила Темная Эра — период, когда люди страдают от действий дьявола Вандела, способного управлять монстрами. Противостоять ему могут охотники на Ванделов. Среди них выделяется Команда Зенона, считающаяся сильнейшей на континенте. Мальчик по имени Бит мечтает присоединиться к этому отряду. Из-за ошибки Бита Команда Зенона оказывается повержена дьяволом Белтозом. Умирающие охотники запечатывают свои жизненные силы в собственном оружии — Сайгах. Они передают эти орудия Биту и погибают.

События разворачиваются через два года после окончания истории, описанной в игре Final Fantasy VII. Мир постепенно восстанавливается после произошедших катаклизмов. В этот период возникают новые проблемы: распространяется болезнь Геостигма, а также появляются три загадочных личности, которые занимаются поисками Дженовы. Клауд и его соратники из оригинальной игры вынуждены снова собраться вместе. Персонажи сталкиваются с необходимостью объединить усилия для противодействия новым угрозам. Болезнь