Дневник будущего: Повторный набор

События разворачиваются после завершения оригинального сериала. Основные персонажи, известные как хранители дневников, вновь появляются в сюжете. Деус, божественное существо, продолжает испытывать затруднения с выбором нового бога, при этом временной лимит на принятие решения истекает. Юно Гасай из третьего мира начинает воспринимать фрагменты воспоминаний Юно из первого мира. Она испытывает ощущение утраты чего-то значимого, но не может определить, что именно или кто это был. Это состояние вызывает у неё беспокойство.

Вопрос о последствиях полного восстановления памяти остаётся открытым. Возможные варианты развития событий включают начало нового цикла игры, завершение существующего порядка или достижение благоприятного исхода. Сюжет строится вокруг дилеммы Юно и нерешённой задачи Деуса, что создаёт основу для дальнейшего повествования.