Детектив Конан: На перекрёстках древней столицы

Маскированный самурай совершает убийства в нескольких городах Японии: три человека погибают в Токио, один в Осаке и один в Киото. Полиция устанавливает, что все жертвы были членами преступной группы "Гэндзиботару", специализирующейся на краже буддийских статуй и артефактов. Члены этой группы используют имена слуг Минамото-но Ёсицунэ. Расследование заходит в тупик из-за отсутствия мотивов и улик, указывающих на других участников банды.

В храм в Киото поступает анонимное письмо с загадкой, касающейся давно утерянной статуи. Монахи обращаются за помощью к Когоро Мори. Конан Эдогава и старшеклассник-детектив Хэйдзи Хаттори объединяются для разгадки шифра и поиска убийцы. Параллельно Хаттори разыскивает свою возлюбленную из детства. Используя знание Хаттори Киото, они исследуют город и постепенно раскрывают правду. Убийца совершает новое нападение на члена банды, затем предпринимает попытки убить Хаттори и похищает его девушку. Конан и Хаттори вынуждены совместно восстановить скрытые улики, чтобы остановить убийцу и спасти заложницу.