Записная книжка Бога

Наруми Фудзисима — школьник, который держится обособленно от одноклассников из-за частых переездов и собственного нежелания заводить знакомства. После очередного переезда он встречает одноклассницу Аяку Синодзаки. Она убеждает его вступить в кружок садоводства и приглашает отметить это событие на её работе. Там Наруми знакомится с Алисой — девочкой примерно 10-12 лет, которая почти не покидает постель. Её комната заполнена плюшевыми игрушками и экранами мониторов.

Алиса занимается расследованием тайн и решением проблем, возникающих в городе и за его пределами. Наруми постепенно втягивается в её деятельность. Сюжет строится вокруг того, как главный герой адаптируется к новой среде и участвует в раскрытии различных загадок вместе с Алисой и Аякой. Детали взаимоотношений персонажей и их мотивации раскрываются по мере развития событий.