Ханако, призрак с внеклассными историями

Среди учеников школы Камомэ ходят слухи, что один из Семи Чудес Академии, призрак по имени Ханако-кун, обзавелся помощницей. Ей стала первокурсница старшей школы Нэнэ Ясиро. Вместе Ханако и Ясиро расследуют различные сверхъестественные явления, происходящие в школе. Их задача - поддерживать равновесие между миром людей и потусторонними сущностями.

В свободное от расследований время персонажи часто проводят время вместе, вовлекаясь в различные происшествия с участием одноклассников Ясиро. В этих ситуациях фигурируют и невидимые для обычных людей призраки, которые постоянно присутствуют на территории школы. Сюжет строится вокруг взаимодействия главных героев с этими сущностями и последствий их совместной деятельности.